Hola Nicolás,En principio el valor de un campo de autoincremento no se puede modificar. Para solucionar tu problema puedes:
A - En lugar de borrar todos los registros prueba a crear la tabla de nuevo.B - Si no quieres crear la tabla puedes tener una tabla vacia ya creada que utilizaras como tabla maestra y simplemente la tienes que copiar (Copiar los ficheros) a la tabla de trabajo.
C - ¡¡¡ Cuidado !!! Creo que el valor que toman los campos de autoincremento está almacenado en la posición 0x49 de la tabla. Ten en cuenta que es un entero que ocupa 4 bytes.
Un saludo,
Angel M. Aranguren