Puedes redirigir la salida del comando a un fichero. Y luego leer el fichero desde tu programa. Por ejemplo, si haces:netstat >salida.txt
te ejecutará el programa y te volcará la salida al fichero 'salida.txt' Luego lo abres con las funciones de acceso a ficheros de C y ya está. También puedes hacer:
netstat >>salida.txt
para que te añada la salida del comando al final del fichero salida.txt